申請人通過所在地的門戶網站進入“市財政科技投入信息管理平臺”，按系統提示在線填寫、提交《科技企業(yè)統計年報》和申報書，并在線打印書面材料（非由申報系統在線打印的書面材料，或書面材料與網上填報材料不一致的，不予受理）。
網上填報程序：（以上海市為例）
（1）登陸“中國上?！本W站（www.shanghai.gov.cn）；
（2）一網通辦—利企服務—點擊“上海市財政科技投入信息管理平臺”圖片鏈接進入申報頁面：
-【賬戶注冊】轉入注冊頁面進行單位注冊，然后再進行申報賬號注冊（單位注冊需使用“法人一證通”進行校驗）；
-【初次填寫】使用申報賬號登錄系統，轉入申報指南頁面，點擊相應的指南專題后開始申報項目；
-【繼續(xù)填寫】登錄已注冊申報賬號、密碼后繼續(xù)該項目的填報。
（3）有關操作可參閱在線幫助。
企業(yè)將書面材料（一式二份）報送至注冊地區(qū)科技行政部門。所有書面材料需采用A4紙雙面打印，使用普通紙質材料作封面，不采用膠圈、文件夾等帶有突出棱邊的裝訂方式。
區(qū)科技行政部門會同區(qū)產業(yè)行政部門對所轄區(qū)內的申報單位進行初審，并擇優(yōu)推薦，形成初審及推薦意見匯總表。
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